专项资金是国家或上级部门下拨行政事业单位具有专门指定用途或特殊用途的资金。这种资金都会要求进行单独核算，专款专用，不能挪作他用，并需要单独报帐结算。专项资金具有金额大、项目多、使用范围广、涉及部门多等特点，这就需要将有效的资金监管作为重要抓手，从源头上科学界定专项资金的类别和范围，建立和完善专项资金的预算约束机制，健全项目库建设，有效清理整合专项资金，形成完备的专项资金审计绩效评价系统。

一、专项资金设立、使用和分配管理中可能出现的问题 

专项资金作为一种特殊财政手段，需要贯彻国家特定政策，专项资金设立过程中主要存在立项不够科学、部分专项资金多头安排、申报单位虚假申报等问题。专项资金在分配过程中存在简单平均分配、缺乏客观科学的分配标准、分配结果 “小”而 “散”等问题，影响了专项资金的实际使用效果。专项资金在项目执行单位不按规定用途和范围使用财政专项资金，甚至存在截留、挪用、克扣、冒领等问题，导致专项资金最终效果的发挥，达不到项目设立的预期目标。目前专项资金的管理存在较大问题: 第一、没有专门的制度加以规范，存在项目设立多且乱、交叉重复等问题，加大了管理的难度。第二、管理办法在程序和内容上没有统一的规范，同为专项资金，程序和内容的管理要求各不相同。第三、管理中普遍存在重分配、轻监管等现象，资金的后续监管缺乏必要制度保障。

二、审计思路方法

明确以政策落实为前提要件，以资金运动为主线，以时间节点为卡口，将项目建设情况和资金使用情况进行对比，相互印证。

一要结合审计实践，了解国家、省市、部门相关经济政策、规章制度，从宏观层面把握重要事项；审阅报表、账薄、凭证等有关财务会计资料，到项目实施现场进行实地勘察。

二要认真听取预算管理部门、资金具体管理部门、项目实施部门（单位）有关人员介绍资金收支、资金管理和项目实施的有关情况。

三要针对审计发现的疑点或没有得到完全印证的问题，策略性地询问当事人及知情人，以佐证或证实审计人员的判断。

四要根据审计查证情况和专业判断，对资金收支结余和管理中存在的问题进行分析。